复旦大学医学院心血管病研究所创建于1958年12月，原称上海市胸病研究所，设在上海第一医学院中山医院内，于1963年5月更名为上海市心血管病研究所，属上海市卫生局建制。
1973年改由上海第一医学院领导，现隶属于复旦大学医学院（原上海医科大学）和中山医院，专门从事心血管疾病的医疗、教学和科研工作，至今已经历40个寒暑，步入不惑之年。建所初期至1966年，除兼职的工作人员外，全所专职工作人员仅有29人，临床和基础的研究工作才初具规模。文革以后，尤其是1978年党的十一届三中全会以来，心研所得以逐步恢复和开展工作。
1980年始心研所被世界卫生组织（WHO）和我国卫生部正式任命为WHO心血管病研究和培训合作中心，1989年起心血管内科被批准为国家教委和卫生部重点学科。
进入九十年代以来，复旦大学医学院心血管病研究所的各项事业更是蒸蒸日上，取得了长足的进步和卓有成效的发展，成为我国目前规模较大、科室设置齐全、仪器设备先进的集临床、科研、教学、培训等于一身的综合性临床医学研究所之一，并拥有一支临床经验丰富、技术力量雄厚、科研水平高超的专业化队伍。
现在复旦大学医学院心血管病研究所设置有心内科、心外科、卫生部病毒性心脏病重点实验室、实验中心、心导管室、心电图室、心脏超声诊断室和心脏病防治室等科室，现有在职职工106名，包括中国工程院院士1名，教授13名、副教授17名、讲师与主治医师55名、初级职称及其他人员21名。其中有博士生导师8名、硕士生导师8名。
心内科于1994年首批被批准为上海市医学领先专业重点学科、1997年被列入"211工程"发展规划的重点学科、1998年再次蝉联上海市医学领先专业重点学科。近年来因积极参与临床药理研究，又被指定为全国临床药理基地。此外，心研所于1977年由卫生部投资兴建的七层心血管病大楼（总面积4150 M2），也于1998年由中山医院改建为十层心血管病大楼（总面积达6000 M2），并于当年启用。
四十个春秋，几代人的辛勤耕耘，结出了硕果累累，凝聚着多少人的心血和汗水。回顾这40年走过的历程，其间虽几经风雨，但在心研所全体同志的努力奋斗下，终于走上了不断发展壮大的道路。